Институт создан постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 12 апреля 1984 г. №313 как Научно-исследовательский институт управления и экономики образования АПН СССР, который постановлением Президиума Российской академии образования от 9 декабря 1992 года (протокол №3) переименован в Институт управления образованием Российской академии образования.

Приказом Российской академии образования от 30 декабря 2005 г. №102/л Институт управления образованием Российской академии образования переименован в Государственное научно-исследовательское учреждение «Институт управления образованием Российской академии образования», которое приказом Российской академии образования от 9 июня 2008 г. №23 переименовано в Учреждение Российской академии образования «Институт управления образованием».

Постановлением Бюро Президиума Российской академии образования от 7 декабря 2011 года (протокол №8) Учреждение Российской академии образования «Институт управления образованием» переименовано в Федеральное государственное научное учреждение «Институт управления образованием» Российской академии образования.

Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 27 августа 2014 г. №1124 Федеральное государственное научное учреждение «Институт управления образованием» Российской академии образования переименовано в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Институт управления образованием Российской академии образования» (ФГБНУ «ИУО РАО»).

Учредителем Учреждения является Российская Федерация.

В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2013 г. №1290:

• функции и полномочия учредителя Учреждения осуществляет Министерство образования и науки Российской Федерации;
• функции и полномочия собственника имущества Учреждения осуществляет Федеральное агентство по управлению государственным имуществом.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 27.08.2018 № 1765-р федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Институт управления образованием Российской академии образования» стало подведомственно Министерству просвещения Российской Федерации.

За свою тридцатилетнюю историю Институт прошел славный путь на ниве народного образования и в настоящее время вступает в новый этап своего развития. Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 5 декабря 2014 г. №1541 Институт реорганизован путем присоединения к нему:

• федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт социализации и образования Российской академии образования»;
• федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт социологии образования Российской академии образования»;
• федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт информатизации образования Российской академии образования»;
• федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт педагогического образования и образования взрослых Российской академии образования»;
• федерального государственного бюджетного научного учреждения «Институт научной и педагогической информации Российской академии образования».